引起肛周膿腫的病因較多，主要原因有以下幾個方面：
1、感染性因素：現代醫學認爲，感染是引起本病的主要原因。
2、手術後因素：臨牀上亦可見到肛門直腸手術引起感染，而形成的直腸周圍膿腫，以及尿道術後感染、會陰部術後感染、產後會陰破裂縫合後感染、尾骶骨骨髓炎術後感染等引起的膿腫。
3、醫源性因素：臨牀上屬醫源性引起的肛門直腸周圍膿腫也不少見。
① 內痔插枯痔丁或注射療法，因操作不當或藥劑不潔感染形成粘膜下膿腫。
② 直腸周圍注射化學藥物刺激，引起組織壞死，造成直腸周圍膿腫。
③ 乙狀結腸鏡檢查，造成腹膜穿孔感染，引起直腸後間隙膿腫。
④ 局部麻醉感染，或油溶液注入後吸收不良，而形成膿腫。
4、其它：直腸內異物損傷後感染，放線菌病，直腸憩室炎感染，肛管直腸癌破潰或波及深部的感染，及身體虛弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或營養不良，都是肛門直腸周圍膿腫的發病原因。
