肛瘻多爲一般化膿性感染所致，少數爲特異性感染。如結核、克隆病。潰瘍性結腸炎更少見，直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘻。直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘻管，但都少見，與一般化膿性肛瘻有明顯區別。
引起肛瘻的常見病因：
一、性激素因素，雄激素分泌過量可能與男性好發肛瘻有關。據統計臨牀上新生兒肛瘻較多(男性多)，兒童極少，青壯年男性最多，老年罕見，主要原因是新生兒母體雄性激素和新生兒副腎雄激素較強有關，青春期人體自身性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，由其是肛腺開始發育增殖，男性較女性明顯，而老年雄性激素水平下降，肛腺萎縮，肛腺感染機會減少。
二、特殊感染，結核桿菌，放線菌感染直腸癌，多發性直腸息肉等感染可併發肛瘻。
三、肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合。結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
四、鄰近器官疾病，如骶骨結核，骨髓炎，骶前囊腫感染切開排膿或潰破後形成肛瘻。
五、直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
六、過食肥甘厚味，醇酒，勞傷憂思，房勞過度也會引起肛瘻。
由於肛瘻疾病對患者的潛在威脅是非常大的，所以，建議在出現肛瘻疾病時，及時治療，並且最好是以預防爲主，肛瘻這種疾病雖說短期之內一般不會引起併發症，但若是時間長了，也並不是非常容易治癒的。
四大療法治療肛瘻
1、瘻管切開術
適用於單純性低位肛瘻，手術時用探針查清瘻管全程，循探針瘻管全部切開，颳去瘻管內肉芽組織，使創面呈V 形。創面內填塞油紗布，2～3 天后每天用1∶5000 PP 粉或熱水坐浴，創面清潔。在整個治療過程中，要注意保證切開創面的肉芽組織由基底部向淺表生長，最後全部癒合，因此經常性觀察創面和換藥就顯得很重要。術後2～3 天局部使用生肌膏或生長激素製劑換藥可加速創面的癒合。
2、掛線療法
適用於高位單純性或複雜性肛瘻。此法可避免括約肌一次切開斷裂收縮致術後肛門失禁，臨牀上應用廣泛，操作簡便，可在門診施行。其缺點是術後複發率較高，這主要與術者探查分支及內口部位不徹底有關。高位複雜性肛瘻可經多次掛線使其變爲單純性肛瘻。手術方法：麻醉下先用探針從外口插入，順瘻管經內口穿出，在內口端探針上縛一橡皮筋，然後將橡皮筋從內口經瘻管在外口引出。切開內外口之間的皮膚，拉緊橡皮筋予以結紮。術後3～5 天可再緊線一次。一般在術後2 周內橡皮筋脫落，留下敞開創面逐漸癒合，如2 周後橡皮筋不脫落，此時可用剪刀將橡皮筋縛扎的組織剪斷。
3、肛瘻切除術
一般適用於低位單純性肛瘻，但近年來有許多學者將此法應用於高位肛瘻及複雜性肛瘻。方法爲一次性將全部瘻管切除，創面爲健康的正常組織，並呈內小外大狀態。較淺表的創面可作全層縫合，5 天后拆線，多可一期癒合，較深的創面宜敞開。高位肛瘻作切除術時，宜分出外括約肌深部，需切斷者應注意將其縫合重建。
4、中醫療法
中醫療法也有其適用範圍，一是初起內痔、外痔患者；二是年老體弱不適合手術的人；三是內外痔中後期且兼有其它嚴重疾病的人(如肝病、腎病、腹部腫瘤等)；四是肛裂、肛管直腸周圍膿腫、瘻管發炎期及一切肛門感染初起者。
