抗病毒要講究時機，並不是所有感染乙肝病毒的人都需要治療。乙肝病毒攜帶者即使HBV DNA水平很高，只要肝功能正常，就無需進行抗病毒治療。但要堅持定期檢測，不能掉以輕心。
治療原則：
一是HBv複製活躍，HBeAg陽性、HBv DNA陽性；
二是肝臟組織有炎症改變。
對第一條，乙肝帶毒者都可掌握，化驗單上是一目瞭然的。對於第二條，乙肝帶毒者自己就難於掌握，沒有症狀，轉氨酶不升高，也只有通過肝穿刺來證明了。
分類：
1、干擾素（普通干擾素、長效干擾素）
該類藥物的優點是有固定療程、不產生病毒耐藥、HBeAg，HBsAg血清轉換率高且應答持久、具有調節免疫和抗病毒雙重功效；缺點：需皮下注射、價格較高、不良反應較多等（流感樣症候羣、骨髓抑制、精神異常等）有妊娠、精神病、酗酒、失代償期肝硬化、甲狀腺疾病等禁忌症。
採用干擾素治療病情階段：病毒載量低於109、高ALT水平、HBeAg低滴度、女性、非母嬰傳播、病程短
2、核苷（酸）類似物
這類藥物的優點是：三性“有效性、易行性、安全性”，但是也有療程不固定、易發生病毒耐藥、停藥後易復發等的缺點。拉米夫定，阿德福韋酯，替比夫定，恩替卡韋，替諾福韋酯，克拉夫定等。
拉米夫定（賀普丁）優點：上市時間最長，療效確切，不良反應少、且進入醫保；缺點：持久應答率低、病毒耐藥率高（14%，38%，49%，66%）。
阿德福韋（賀維力、名正、代丁等）優點：耐藥變異率低（0、3%、11%、18%、29%），對拉米夫定耐藥者仍有效；缺點：抗病毒作用較弱，起效慢，有潛在的腎毒性。
恩替卡韋（博路定）優點：作用強，耐藥率低（5年累計耐藥率1.2%）；缺點： 價格較貴。
替比夫定（素比伏）優點：作用強，HBeAg轉換率高（22%）；缺點：變異率較高，有肌酸激酶升高等副作用，上市時間短，抗病毒作用，長期療效和安全性都有待證實。
拉米夫定耐藥患者優先選擇聯合阿德福韋酯治療，不推薦交替使用阿德福韋酯和換用高劑量的恩替卡韋治療。阿德福韋酯耐藥患者可改用或聯合替比夫定，拉米夫定或恩替卡韋治療。臨牀研究顯示，核苷類似物耐藥患者改用干擾素治療可能是有效的治療方法。
3、中醫中藥
中醫中藥優點是作用機理全面，具有抗病毒、調節免疫、抗炎抗肝纖維化等多重作用，但是卻起效慢，抗病毒的速度難以和西藥相比。
中藥治療乙肝主要適用症狀明顯的患者、乙肝病毒攜帶者、慢性輕度乙型肝炎、聯合西醫抗病毒藥物治療的慢性乙肝患者、乙肝後肝硬化、合併肝癌的患者。
用藥注意事項：
在口服抗病毒中，63%患者自行停藥，其中57%的患者病情加重。專家指出，乙肝抗病毒藥物治療，需要長期吃藥，通常情況下需要2年左右的時間，如果停藥一定要在專科醫生指導下，不然病情不穩固的情況下停藥，不僅起不到對乙肝病毒的抑制作用，而且還可能加速耐藥的發生，甚至使病毒的複製反彈，導致病情加重。
