1、干擾素
干擾素分爲常規干擾素和長效干擾素，前者基本上天天都要注射，後者多爲一週注射一次。干擾素採用肌肉或皮下注射，療程至少需要六個月。干擾素、核苷類似物等 肝病抗病毒西藥以抑制DNA的複製爲主，缺點是不能隨便停藥，長期服用乙肝病毒輕易發生變異耐藥。不過長期用藥的話會出現像流感樣、厭食、噁心、腹瀉、抑鬱、心絞痛等副作用。
該類藥物的優點是有固定療程、不產生病毒耐藥、HBeAg，HBsAg血清轉換率高且應答持久、具有調節免疫和抗病毒雙重功效；缺點：需皮下注射、價格較 高、不良反應較多等（流感樣症候羣、骨髓抑制、精神異常等）有妊娠、精神病、酗酒、失代償期肝硬化、甲狀腺疾病等禁忌症。
採用干擾素治療病情階段：病毒載量低於109、高ALT水平、HBeAg低滴度、女性、非母嬰傳播、病程短
2、核苷（酸）類似物
另一類是核苷（酸）類似物的口服藥，像拉米夫定、阿德福韋酯、替比夫定、恩替維卡等。這些藥物也是通過抗病毒，進步免疫力來治療乙肝的。都是治療乙肝中常用的很不錯的抗病毒藥物。拉米夫定能抑制乙肝病毒複製，但缺乏免疫調節功能，但是完全應答率不理想。還有就是阿德福韋、恩替卡韋、替比夫定等，都有不可避開的耐藥性，而且藥價較高。
這類藥物的優點是：三性“有效性、易行性、安全性”，但是也有療程不固定、易發生病毒耐藥、停藥後易復發等的缺點。目前乙肝抗病毒藥核苷（酸）類似物有6種，即拉米夫定，阿德福韋酯，替比夫定，恩替卡韋，替諾福韋酯，克拉夫定等。
拉米夫定（賀普丁）優點：上市時間最長，療效確切，不良反應少、且進入醫保；缺點：持久應答率低、病毒耐藥率高（14%，38%，49%，66%）。
阿德福韋（賀維力、名正、代丁等）優點：耐藥變異率低（0、3%、11%、18%、29%），對拉米夫定耐藥者仍有效；缺點：抗病毒作用較弱，起效慢，有潛在的腎毒性。
恩替卡韋（博路定）優點：作用強，耐藥率低（5年累計耐藥率1.2%）；缺點： 價格較貴。
替比夫定（素比伏）優點：作用強，HBeAg轉換率高（22%）；缺點：變異率較高，有肌酸激酶升高等副作用，上市時間短，抗病毒作用，長期療效和安全性都有待證實。
拉米夫定耐藥患者優先選擇聯合阿德福韋酯治療，不推薦交替使用阿德福韋酯和換用高劑量的恩替卡韋治療。阿德福韋酯耐藥患者可改用或聯合替比夫定，拉米夫定或恩替卡韋治療。近年臨牀研究顯示，核苷類似物耐藥患者改用干擾素治療可能是有效的治療方法。
3、中醫中藥
中醫中藥優點是作用機理全面，具有抗病毒、調節免疫、抗炎抗肝纖維化等多重作用，但是卻起效慢，抗病毒的速度難以和西藥相比。
中藥治療乙肝主要適用症狀明顯的患者、乙肝病毒攜帶者、慢性輕度乙型肝炎、聯合西醫抗病毒藥物治療的慢性乙肝患者、乙肝後肝硬化、合併肝癌的患者。
因此，乙肝用藥一定要在醫生指導下嚴格進行，不可擅自盲目使用藥物治療，此外，乙肝用藥一定要長期堅持，不可頻繁更換藥物，以免導致耐藥的出現，導致無藥可治。
