肛瘻的初期症狀：
疼痛：瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
流膿：膿液的多少，因瘻管的長短、大小而不同。新生成的肛瘻流膿較多，膿稠，味臭，色黃，以後逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。如忽然膿液增多，表示有新瘻管生成。有時外口暫時封閉，流膿停止，體溫上升，局部腫脹，再度形成膿腫。封閉的外口再穿破或形成另一新外口，又有膿液流出。內外瘻粗大者，有時糞便和氣體由外口流出。
可見全身症狀：一般肛瘻常無全身症狀，但複雜性肛瘻和結核性肛瘻，因病期長，有的帶病數十年，常出現身體消瘦、貧血、便祕和排便困
