前列腺結核大多同時侵犯雙側。早期結核病變出現於前列腺和精囊內的血管附近、粘膜下、導管口或射精管口附近，以後可擴展到前列腺兩側葉、精囊或附睾。和其他部位的結核一樣，前列腺結核早期爲卡他性病變，血管周圍有小而密的結核結節。粘膜下病變進一步發展，可致腺體上皮破壞消失，形成結核肉芽腫、乾酪化。乾酪區可見於前列腺的任何部位，其中央壞死，周圍有類上皮鉅細胞圍繞。最後液化或形成膿腫，壞死組織自前列腺管排出而遺留空洞。修復時纖維組織替代結核組織，整個腺體纖維化，致使前列腺增大，呈結節狀且不規則，與周圍器官緊密粘連，堅硬度與癌腫近似。
病變嚴重時可擴展到前列腺周圍組織，使精囊正常組織消失，結核組織密集，乾酪樣病變廣泛，並可使輸尿管末端狹窄。如膿腫形成，可向會陰部潰破，成爲持久不愈的竇道。也可向膀胱、尿道或直腸潰破。
最終前列腺結核將繼發感染，或經鈣化而癒合。在顯微鏡下觀察，前列腺結核表現爲典型的結核結節，包括中心部位的乾酪樣壞死，周邊的上皮樣細胞、組織細胞和朗罕氏鉅細胞，外周的淋巴細胞和纖維母細胞形成的肉芽腫性結節。早期病變中心並無壞死，而只在腺體周圍有由組織細胞形成的小結節，中心爲鉅細胞，周邊爲淋巴細胞。整個腺體呈慢性炎症性改變。
