3月18日上午媒體報道山東省濟南市公安機關破獲一起非法經營疫苗類產品案件，大量未經冷藏疫苗類產品流入包括安徽在內的多個省份。合肥市食品藥品監督管理局獲悉後立即行動，對全市12家有疫苗經營資質的藥品批發企業進行了排查。3月19日，根據省局和市政府的統一部署，全市食品藥品監管部門立即組織力量，對轄區內藥品零售企業、醫療機構，重點是村衛生室、個體診所、社區衛生服務站（所）開展拉網式排查。截止22日晚，已排查藥品零售企業352家、醫療機構308家，暫未發現山東“問題疫苗”流入我市。
山東“問題疫苗”發生後，市委、市政府高度重視，市食品藥品監督管理局、公安局、衛生計生委聯合成立了“合肥市查處非法經營疫苗案聯合工作領導小組”，統一指揮、密切配合，進一步強化山東非法經營疫苗類產品案件的查處工作。截至目前，已基本查明上線所涉人員（4人）及所在公司情況，對涉嫌無證經營疫苗的，已依法予以立案。下線所涉人員（2人）正在追查中。
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