兒童肥胖一般來說，不需要使用藥物，而以高速飲食和加強運動爲主，除非他（她）已經是重度肥胖，並且有許多合併症時，方纔選擇藥物。
減肥藥物主要有食慾抑制劑（包括苯丙胺、氟苯丙胺、氯苯咪吲哚等）和促進進代謝藥，（如甲狀腺素製劑等、口服降糖劑）以及衆多的減肥中成藥。不管使用哪種減肥藥物，必須由醫生同意和得到專科醫生的指導，能不用的儘可能不用，或根本不用。倘若兒童肥胖合併高血脂者，可用澤瀉10克，山楂10克開水衝開，待溫，每日當茶飲。或試服消胖美。經常愛睡覺的肥胖兒可用一些減肥茶，七消丸之類。食慾亢進伴有口瘡、口臭的孩子可吃牛黃清胃丸。如因精神因素而多食的孩子，在其正常飲食之後，尤其是午休、夜臥之時，適當給安定片，或棗仁安神液之類，非單純性肥胖，在經醫院確診之後，要按照醫囑進行服藥。
