偶爾手淫是釋放性緊張的安全有效的方式，但一些有害的手淫方式常會導致嚴重的後果。
（1）以異物手淫：
有些青少年喜歡用筆桿、稻草稈、髮夾、塑料絲等物插入尿道，以企求獲得快感，從而在有意無意的情況下導致泌尿系異物，其中以男性多見。異物引起尿道或膀胱頸梗阻時可造成排尿困難或尿瀦留，並伴泌尿系統感染，最後形成泌尿系統結石症。未成年女性在手淫時會出於好奇心將鋼筆、筷子、果核、豆類等塞進陰道，如果物體較大時將不能自行取出，時間久了可引起感染、出血、疼痛。
（2）錯誤的手淫方式：
有的男子從開始手淫時便採取了種種錯誤的方式，如把陰莖向下向後壓迫，夾在兩腿中間，憑這種擠壓而獲得一定快感，並不摩擦，也不追求射精高潮。由於長期採取這種方式獲得自我刺激，結果造成對精的抑制，導致婚後性生活不能射精。從而可能造成男性不育症。
（3）性窒息：
系變態手淫方式之一，自行刺激時往往伴用各種方法造成大腦缺氧，這樣在半窒息狀態下獲得性高潮，以此增加性快感程度，使用不當有窒息致死的危險。
