由下丘腦一垂體一卵巢軸中的某一環節發生功能或器質性病變引起。按引起閉經的病變部位，可分爲子宮性、卵巢性、垂體性和下丘腦性閉經。
子宮頸、陰道、處女膜、陰脣等處，有一段先天性閉鎖，或後天損傷造成粘連閉鎖，雖然有月經，但經血不能外流，這種情況稱爲隱性或假性閉經。生殖道下段閉鎖，經過醫生的治療，是完全可以治癒的。
子宮內膜不能發生週期性的變化，也就不會出現子宮內膜脫落，所以也就沒有月經來潮。也有的先天性無子宮，或子宮內膜發育不良，或子宮內膜損傷，即使卵巢功能健全，雌激素和孕激素的分泌正常，也不會來月經。
引起下丘腦功能失調的原因很多，如精神刺激、悲傷憂慮、恐懼不安、緊張勞累，以及環境改變、寒冷刺激等。由下丘腦引起的閉經比較多見。
