1.Ⅱ型單純皰疹病毒產生耐藥，發病後複製快速。傳統治療採用阿昔洛[FS：PAGE]韋、明竹欣等抗病毒藥物，以及抗干擾素、胸腺肽免疫製劑，早期有一定效果。但現在病毒種羣複雜多變，在長期的抗病毒過程中逐漸被病毒適應，使得治療效果更加不理想。並且藥效發揮緩慢，即使在血液中形成有效濃度，它對病毒的殺滅作用比不上病毒複製速度。給機體對病毒的殺滅和藥物治療帶來很大難度，是當前反覆難愈的一個重要因素。
2. 不規範科學的治療，抗生素的濫用，加重臨牀治療難度。皰疹病毒本身就是一種很難殺滅的病毒，不合理規範的治療給病毒在體內的依附和複製提供可趁之機，進一步加劇了病毒耐藥性的產生，病毒種羣變的多樣化和複雜。同時對抗生素的不規範使用，影響身體的免疫機能，內分泌體液免疫機能等系統的作用，並且也會使得抗生素耐藥，給疾病的康復和後續的治療帶來新的困難，制約和影響着疾病的整個康復過程。
3.Ⅱ型單純皰疹病毒特殊附着性，使得傳統治療很難攻克。生殖器皰疹的致病病毒、Ⅱ型單純皰疹病毒（HSV）潛伏於神經節內，麻痹機體免疫調節機能，在機體各項免疫機能正常時時蟄伏待機，當機體調節機能紊亂，因炎症等免疫功能低下時，病毒迅速激活，危害組織器官，在治療上藥物很難從神經節內清理病毒，治療同時對自身的損傷也較大。
4.Ⅱ型單純皰疹病毒極具僞裝性，誘導機體防禦功能失常。臨牀表明Ⅱ型單純皰疹病毒變異後可進行自我僞裝，讓機體無法識別，或者釋放假信號避免藥物和免疫系統對它的殺滅作用，給治療帶來很大不變，即使治療也可能是暫時性的一種假象，很容易再次復發。
5.生殖器皰疹發病多合併其它疾病，臨牀治療中易被忽視。在臨牀實際治療中，生殖器皰疹往往不是單獨發病，一般都是在其它炎症或隱性感染後發病。而在實際治療中大多被忽視，這樣給復發和病毒轉移提供了客觀因素。
6.傳統治療是把雙刃劍，殺滅病毒與“元氣”損傷成正比。由於病毒的特殊附着性，僞裝性，複製和變異等特點，藥物的治療不但難度大，而且對於抗病毒類化學藥物而言，它對身體的副作用特別大，在一定區間內它對病毒的殺滅效果和對機體生理機能的損傷是成正比的。在這種情況下，機體免疫系統的負擔和壓力也在增加，不但要殺滅病毒，而且要應對自身新的損傷，這是傳統治療當前還不能很好客服和避免的難題之一。
7.康復護理不當日常中存在自身接種感染或再次感染。少數康復患者體內神經細胞節內殘餘有病毒變異珠，當生病、發熱、酗酒、勞累等情況下免疫力低下時，潛伏的病毒重新復活繁殖，複製出新病毒，又沿神經軸返回皮膚黏膜引起新的皰疹。也有一部分患者因不注意個人衛生，沒有對沾有病菌的衣褲、日用品及時消毒處理及性伴沒有及時檢查治療而再次傳染上導致反覆發作。
