兒童感染HIV與成人有許多不同，尤其是在身體發育、疾病進展、心理狀況和精神感受方面，因此對待HIV感染兒童有別於成人。
對有條件的地區，如果能使用PCR方法明確一個HIV陽性的婦女生育的嬰兒已經在宮內或生產過程中感染了HIV，那麼這個嬰兒儘可能使用母乳餵養。母乳可以使他免受其他病原的感染，免受因食用其他類型的牛奶而出現經常腹瀉的可能。但在4個月時應該添加一些食物，要保證使用乾淨的器皿（奶勺、杯子和奶瓶），選擇熱量高的主食，一定比例的油、脂肪和糖，將食物調配成糊狀最好。當孩子大一點後，可以多吃一些成人食用的食品。
相對成人來講，兒童HIV/AIDS的診斷相對困難，因爲嬰兒平均15個月到18個月時才能通過常規血液檢測做出診斷，而一旦被診斷爲HIV的兒童常常面臨不能正常上學和享受正常的童趣，原因是人羣對HIV感染者的誤解和缺乏瞭解。但是，許多HIV感染的兒童在數月或幾年之內不會出現症狀，應該儘量幫助他們過一種正常的生活，包括與同齡孩子一起正常上學和相互玩耍，HIV是不會通過小孩尿液、玩具、學習用具來傳播的。同時，要定期給這些兒童進行體檢，以發現他們疾病進展的狀況，包括與HIV感染有關的T淋巴細胞亞羣檢測和HIV載量的檢測。對已經明顯出現AIDS相關機會性感染並反覆出現的兒童，要儘可能採取對症治療和必要的預防機會性感染的治療。根據免疫學和病毒學檢測來確定兒童是否可以接受抗HIV治療。選擇抗HIV治療的方案除與醫學密切相關的原則，如合併的感染、藥物的毒副作用的疊加等，還要考慮與兒童生活習慣和學習作息習慣有關的因素，合理安排服藥時間。
