首先，乙肝病毒有兩層衣殼，外衣殼以及內衣殼，是具有很多種原抗體屬的。在病毒的外衣殼上，有表面抗原HBsAg和前S1抗原、前S2抗原。在內衣殼有核心抗原HBcAg和e抗原HbeAg。各種抗體原屬都有很強的“毒性”，能引進多種類型對人身造成的傷害。但唯一隻有表面才能抗體（抗HBs）。
其次，乙肝病毒的表面抗原能刺激抑制T細胞T s增殖，增殖的T s使B細胞不能成熟爲抗體。使唯一能清除乙肝病毒的表面抗體（抗HBs）始終不能產生，即抗HBs陰性。這就是乙肝表面抗原使機體產生的免疫耐受。免疫耐受的結果使自身免疫系統處在對乙肝病毒無特異性應答狀態，T細胞不能和成特異抗體HbsAb，你能清除血液中的乙肝病毒。導致乙肝病毒能不受障礙地長期重複感染、複製、釋放、再感染、再複製的病理過程。長期形成病毒血症，這也就是乙肝難以治癒的原因之一
第三，乙肝病毒血症同樣也能引起機體的免疫反應。但因病毒抗原的多樣性和個體免疫力的差異，使乙肝患者的身體反映也呈多樣性。當免疫力正常時，乙肝病毒能在病毒血症期被阻斷感染，或形成隱性感染，最終病毒被清除。 當免疫力低下或免疫耐受時，對乙肝病毒致敏的免疫球蛋白在數量上和功能上都不足以完全清除病毒。因此，肝細胞損害持續存在，成爲慢性持續性肝炎或慢性活動性肝炎，以致帶病終生。
第四，部分乙肝患者，由於長期受病毒刺激致使乙肝病毒的基因整合於肝細胞的DNA中，引起肝細胞突變發展成爲原發性肝細胞癌。
