輸血以能改善患者貧血症狀，緩解缺氧狀態爲宜，無需將血紅蛋白水平糾正至正常值。一般在Hb＜60g/L時輸注，或伴有難以耐受的貧血症狀。儘量輸注輸紅細胞，全血無紅細胞時可以考慮，具體量隨病情而定。即使再障患者白細胞或/及血小板數減少，其貧血都應該輸濃縮紅細胞，而不是輸全血。有發生心力衰竭風險者，控制輸注速度，2～4小時予以1個單位紅細胞，可適當予以利尿劑。擬行異基因造血幹細胞移植者應輸注經輻照後的紅細胞和血小板。
再生障礙性貧血患者發熱需要立即住院治療，應按照中性粒細胞減少發熱的治療原則來處理患者。發熱患者應行肺部和鼻竇的檢查，包括X線片和CT掃描。肺部和鼻竇感染者常存在真菌感染。一般抗生素推薦聯合應用抗生素，如β-內酰胺類抗生素+氨基糖苷類，有培養結果後，依藥敏情況再選擇針對性抗生素。
再生障礙性貧血患者可以發生細菌、病毒及真菌感染。重型再障患者由於嚴重和長期的中性粒細胞減少可以發生致命性的麴黴菌感染。對於中性粒細胞《0.2×109/L者需預防性應用抗生素及抗真菌藥物並且注意飲食避免細菌及真菌污染。中性粒細胞（0.2-0.5）×109/L者預防用藥利弊尚難確定，依患者既往感染情況定。預防感染應注意飲食及環境衛生，重型再障保護性隔離；避免出血，防止外傷及劇烈活動；杜絕接觸危險因素，包括對骨髓有損傷作用和抑制血小板功能的藥物；必要的心理護理。
