中醫認爲：乙炎的病機是由於內蘊胎毒，外感時邪，病毒從口而入或注射，輸液、輸血等交叉感染，蘊藏體內，蓄積肝臟，鬱久成瘀，化熱、化燥，復受七情、六淫、飲食、勞倦而誘發本病。其發病有三種情況：一是有感而即發的，這是由於邪氣獨盛，正氣虛弱之故。二是有感染後多年，機體抗病能力降低後，觸及誘因才發此病。三是正氣內存，邪不可幹，陰平陽祕的身體，雖然感染有乙肝病毒而終生不發病的健康帶毒體。乙型肝炎的發生發展及其轉歸，與機體的免疫反應和病毒的持續感染有關，而免疫活性細胞來源於骨髓多能幹細胞，中醫認爲“腎主骨生髓”，許多免疫功能低下的患者大多與腎虛有關。腎虛則體內核苷酸還原酶低下，從而抑制DNA合成。
乙肝在臨牀上無明顯肝炎症狀和體徵，而HBV-M測定提示有病毒複製現象。中醫認爲其發病機理重點在溼熱、瘀毒、正虛三個方面。關鍵病機是疫毒蘊結，可累及肝、膽、脾、胃、腎等臟腑。體虛不勝邪，鬱毒蘊結肝膽而致疏泄不利，脾胃運化失司，升降紊亂，肝病日久及腎，耗損精氣，終至肝腎皆虧。由於乙肝病毒只在化驗時發現，常處在“無證可辨”的情況下而難以論治，因此，辨病就顯得尤爲重要，一旦確診爲乙肝，即可以扶正與抗毒爲主的治療。這叫做“辨病論治”。
乙肝的治療大法是先辨病後辨證，使治療更具有系統連貫性。再在辨病與辨證的前提下結合病者的體質差異、根據不同的病理階段，靈活運用扶正與抗毒，並緊密結合HBsAg與HBeAg內在聯繫的辨證法爲基本點，形成多條靈活的用藥法則，才能獲得最佳療效。如果只辨病不辨證，開出的處方針對性不強;如遷就病人僅憑化驗單開藥或長期服用各種中成藥療效甚微，這是不加辨證盲目用藥的惡果。遵照“治病求本，謹守病機”的法則。乙肝是正虛邪實之證，以扶正與抗毒同時使用爲主要治療手段。大三陽重用解毒之劑;小三陽重用扶正之品。動態觀察實踐說明HBsAg與HBeAg陽性的關係是病邪未盡與正氣未虛和病邪未祛與正氣己傷的關係。依照具體病情制定主次先後用藥之度，使處方用藥顯得辨病不失辨證，辨證不遺辯病，二者相合，恰到好處，才能收到事半功倍之效。
