腎囊腫引起的併發症有：
（1）腎臟癌腫：呈佔位性病變，但易發於深部，從而引起更明顯的腎盞彎曲。血尿常見，而囊腫則不見。當腎實質腫瘤壓在腰大肌上面，在腹平片上就看不到肌肉的邊沿，而囊腫則依然可見。出現移動的證據（如體重減輕、乏力、觸及鎖骨上淋結腫大、胸片表示有移動性結節）、紅細胞增多症、高鈣血癥及血沉加快都提醒爲癌腫。
（2）腎癰：本病罕見。採集病史時，可發現在突起發熱及局部疼痛前數週有過皮膚感染史。尿路造影表示其病變與囊腫及腫瘤相似，但由於腎四面炎影響，使腎輪廓及腰大肌影模糊不清。此時，腎臟多較固定。將患者在仰臥及樹立時腎臟位置加以比較即可證實。血管造影可表示一無血管的病損。鎵-67掃描可表示病損的炎症性質，但感染的單純性腎囊腫也可有相似的表現。
（3）腎積水：症狀和體徵可與單純性腎囊腫的表現完全一致，但尿路造影則截然不同。囊腫引起腎臟變形，而腎積水則表現爲由於阻塞所致的腎盞和腎盂的擴張。急性或亞急性腎盂積水由於腎盂內壓的增高常產生更爲侷限的疼痛，並因感染而易於使其表現複雜化。
另外，腎囊腫多發生於：工作或生活在污染環境裏的人容易得腎囊腫。情緒不穩定的人：情志的異常變化，特別是長期過度抑鬱或驚恐的人尤其愛患腎囊腫。家族中有腎囊腫遺傳史的人。勞累過度的人們：包括體力勞動過度、腦力勞動過度而又缺乏體育鍛煉或鍛鍊方法、強度不當者都易患腎囊腫。
