鼻咽癌的病因可能與下列因素有關：
①EB病毒感染
全世界大部分人在兒童時期均感染過EBV，但只有少部分人成年後有鼻咽癌的發生。EBV致病機理尚不完全清楚。機體免疫系統對EBV感染的控制作用及EBV逃避機體免疫應答的機制，是研究的重點。機體免疫系統對EBV 感染的控制作用主要通過細胞免疫來實現，近幾年研究表明，EBV不僅能感染B淋巴細胞，還能感染T和/或NK細胞，併產生大量的細胞因子I 。
②環境與飲食
環境因素也是誘發鼻咽癌的一種原因，在廣東調查發現，鼻咽癌高發區的大米和水中的微量元素鎳的含量較低發區高，在鼻咽癌患者的頭髮中鎳的含量亦較低發區高。動物實驗表明：鎳能1促進亞硝胺誘發鼻咽癌。也有報道說，食用鹹魚及醃製食物是中國南方鼻咽癌高危因素，且與食鹹魚的年齡、食用的期限額度及烹調方法也有關。
③遺傳因素
鼻咽癌病人有種族及家族聚集現象，如居住在其他國家的中國南方人後代仍保持着較高的鼻咽癌發病率，這提示鼻咽癌可能是遺傳性疾病。
