口腔潰瘍由於形成原因不同，也可分爲不同類型，如實火型口腔潰瘍、虛火型口腔潰瘍。
在治療上，兩種不同的類型，也因區別對待。實火型口腔潰瘍適合用牛黃解毒丸、六神丸、華素片等，同時還可配合使用西瓜霜噴劑、雙料喉風散。
虛火型口腔潰瘍則可服用六味地黃丸、知柏地黃丸、杞菊地黃丸等。此外，潰瘍完全癒合後，不要立刻斷藥，應再吃上兩天，以鞏固療效。
瓜霜含片、華素片、意可貼等都是治療口腔潰瘍的常用藥物，像西瓜霜等大多數中藥含片由苦寒、利咽、消腫的中藥組成，是寒性的，虛火型口腔潰瘍不適合服用。華素片長期含服口腔會有異味，還可導致舌苔染色，連續使用5天症狀未見緩解應停藥就醫。
意可貼屬糖皮質激素，主要作用是抗過敏，輔助消炎以及癒合傷口，但高血壓、糖尿病、胃與十二指腸潰瘍患者要禁用，其他人使用也不要超過7天。
還有很多含片裏有抗生素，若長期服用，會改變口腔內環境，打破口腔菌羣的動態平衡，導致菌羣失調，容易誘發口腔感染，所以含有抗生素的含片，必須在醫生指導下，確定是細菌感染引起的口腔潰瘍時纔可使用，使用時間一般爲5~7天。
溫馨提示：
經常反覆發作的口腔潰瘍患者，還可能是諸多疾病的前兆，不能只關注治療潰瘍本身，一定要找醫生明確診斷後，治療原發疾病，才能祛除病根。但是大家只知道瀉火，而不知有實火、虛火之分，實火可以瀉，虛火就不行。
