肝癌患者在治療過程中出現併發病，如下所示。很多病人的死亡爲併發病導致，並不是死於肝癌。故而在治療時因仔細考慮，使用合適的治療首段，並輔助藥物進行保肝治療。
1.上消化道出血
上消化道出血是肝癌常見併發病，可發生於晚期肝癌病人，也可發生於肝硬化合並早期肝癌病人，是肝癌的主要死亡原因之一，據報道，112例老年肝癌病人中上消化道出血的併發率爲13.39%，上海醫科大學肝癌研究所住院患者中上消化道出血佔26.97%。約有15%-28%的肝病人直接死於上消化道出血，該併發病包括：食道胃底靜脈破裂出血、腸胃道轉移性腫瘤破裂出血和盲動膜糜爛或潰瘍出血等，造成的門靜脈高壓。
2.腹水
腹水是侷限性水腫的一種，是指過多的液體在腹腔內積聚。正常情況下，腹腔內有少量液體，約200ml，起潤滑作用， 當液體量超過200ml時即可稱爲腹水，當腹腔內液體超過150ml時，體檢中可發現濁音陽性。腹水的產生機制較複雜，與體內外液體交換失衡及血管內外液體交換失衡有關。多種惡性腫瘤均可出現腹水，在腫瘤基礎上出現的腹水稱爲惡性腹水。不論是繼發性肝癌還是原發性肝癌均常伴發腹水，這與肝癌病人常伴有肝硬化、門靜脈高壓關係密切。
3.肝性腦病
肝性腦病，又稱爲肝性昏迷，或肝腦綜合症，是肝癌終末期的常見併發病。以中樞神經系統功能失調和代謝紊亂爲特點，以智力減退、意識障礙、神經系統體徵及肝臟損害爲主要臨牀現，也是肝癌常見的死亡原因之一，約引起30%左右的病人死亡。
4.肝癌破裂出血
原發性肝癌破裂出血，是肝癌病人的一種嚴重而致命的常見併發病，發生率約5.46%-19。 8%，也是肝癌病人的主要死亡原因之一，佔肝癌死因的9%-10%，在肝癌死亡原因中佔第4位。由於本病發病突然、急劇，且常伴休克。故其治療困難，預後較差，如不積極救治，多數患者迅速死亡。
5.感染及癌性發熱
肝癌併發病可由肝癌本身或常合併的肝硬化導致，也可由抗腫瘤治療手段造成，常出現於肝癌中晚期，是肝癌病人的主要死亡原因之一。
