三叉神經痛的主要特徵就是疼痛，並且發作時是驟然的、劇烈的，三叉神經痛患者常常因爲怕觸發疼痛扳機點而不敢刷牙、咽口水等，日常生活中引發了很多煩惱。因此想要有效的預防三叉神經痛，首先了解三叉神經痛病因是至關重要的。
對於三叉神經痛的病因，專家表示各種學說也是衆說紛紜，下面，就逐一介紹下：
學說一：變態反應，1967年Hanes根據三叉神經痛突然發作和可逆性，曾提出三叉神經痛可能是一種與變態反應有關的疾病。
學說一：家族遺傳，三叉神經痛可能與家族遺傳有關。但多數學者認爲本病與遺傳因素關係不大與人類種族無關。
學說一：周圍病原，三叉神經末梢到腦幹核團的任何部位發生病變都可刺激三叉神經，使中樞神經系統發生生理功能紊亂和器質性改變，從而發生三叉神經分佈區範圍內的陣發性劇痛性的學說。
學說一：綜合病因，Dott（1951年）認爲三叉神經痛的起因在腦幹內，動作或觸動扳機點可引起短的衝動（Short Circuit）在腦幹內迅速疊加，從而引起劇烈疼痛發作。
學說一：中樞病因，三叉神經系統中樞部的腦內核團，三叉神經脊束核丘腦及大腦皮質均可因周圍病變刺激及中樞本身的傷害性刺激，而導致三叉神經痛。
學說一：病毒感染，大腦皮質是周身感覺的最高中樞，對三叉神經系統任何部位的病竈所致的疼痛，均是通過大腦皮質反映出來的。如皰疹和單純皰疹的病毒感染，可沿三叉神經系統的通路而侵入三叉神經分佈相應的大腦皮質，使三叉神經疼痛發作。
