被性病性淋巴肉芽腫衣原體感染後，經過7～12天，平均10天，即可出現症狀。一般分爲3個階段。
早期階段：男性可在陰莖體、龜頭、冠狀溝、包皮處，女性常在小陰脣、尿道口周圍等處，出現無痛性丘皰疹或小水庖，庖破後呈糜爛面，嚴重者可形成潰瘍，稱初瘡。一般是單個，多個者少見，不痛不癢，也不硬，沒有什麼感覺，故常被忽視。1周左右，病損可痊癒。
中期階段：經過3～6周，衣原體可侵犯淋巴系統，出現腹股溝淋巴結腫大，有2/3的患者可有雙側淋巴結髮炎。腹股溝處先有痠痛、發硬，然後腫大並互相粘連，形成一個硬塊。腫大的淋巴結在腹股溝韌帶的上下方突出皮面，使腹股溝韌帶處形成一凹槽狀溝，這是本病的一個特徵。硬塊處的皮膚呈微紅或紫紅色，約經1周可軟化破潰，流出淡黃色漿液或血性分泌物，形成多個瘻管，數週後留下疤痕。病程短者爲數週，長者至數月。當淋巴結腫大化膿時，可出現全身症狀，如畏寒、發熱、頭痛、乏力、厭食、肝脾腫大和關節痛。
晚期階段：晚期病程長，常年不愈。本病晚期的主要病變爲生殖器部位淋巴管慢性發炎。男性陰莖或陰囊可發生反覆潰瘍、結瘢，導致局部變形。女性由於直腸周圍炎症，可使直腸狹窄，產生便祕或大便變細。時間長了有癌變的可能。
