性病性淋巴肉芽腫潛伏期根據臨牀表現分爲如下三期：
一期：生殖器上出現初瘡，直徑約0.3-0. 6cm，不痛，以後糜爛、潰破成初瘡潰瘍，常單個發生，有時也可2-3個發生，約1周左右開始癒合，不留癱痕。
二期：初瘡發生後1-4周左右，單側或雙側腹股溝淋巴結腫大，成爲橫痘。此類橫疙開始孤立發生，以後互相融合成團。開始質地較硬，經數週後變軟破潰，形成疹管。
三期：發病1^-2年，由於上述病變造成琳巴迴流受到阻礙，男性病人會出現陰莖與陰囊象皮腫，局部腫脹，皮膚變粗糙質硬。同性戀者會發生直腸狹窄。
由於性病性淋巴肉芽腫，又稱爲腹股溝淋巴肉芽腫，於是本病容易在概念上與另一種性傳播疾病腹股溝肉芽腫相混淆。其實，性病性淋巴肉芽腫是腹股溝部位淋巴結髮生肉芽腫性病變，而腹股溝肉芽腫是初起於生殖器官、腹股溝或肛門周圍的病變，發生肉芽腫變，並非是腹股溝淋巴結的問題。
