反覆再感染
這些病人在一次發作之後，防禦機能常受到損害，且可持續數月之久，使病人易發生再感染。每一次再感染又使機體抵抗力更爲減弱，如此形成惡性循還。這類病人多數不易找到可以糾正的易感因素，用消毒藥液沖洗會陰部也沒有很大的幫助，最有效的預防措施還是鼓勵多飲水、頻排尿，並建議在性交後排空膀胱。經過這些措施，可能有一部分病人不再復發。
如不奏效，應較長期地給予小劑量抗菌藥物，稱爲預防性用藥（ｐｒoｐhylａctic thｅraｐｙ）。目的使病人在數月之內不發生再感染，以期渡過這段時間後，機體的防禦能力有可能恢復，惡性循環得以中斷。以往多主張按常規劑量長期給抗菌藥物，並建議數種藥物輪換使用。近年的研究認爲只要很小劑量的藥物就能達到預防再感染的目的。
Ｃａttｅll建議先給兩週標準治療，以後每隔兩週將藥物減半，並重復尿培養以肯定菌尿被控制，直至ＴＭP-SＭZ減至隔晚１片或呋喃旦啶減爲每晚５０ｍg，如此維持一年。對停藥後再復發的病人應延長用藥時間。鑑於性交可能是再感染的誘發因素，有人建議“事後”預防性服用抗菌藥物。
感染復燃
對不能用外科手術糾正誘因的病人，應增大抗菌藥物的劑量，以提高腎臟內和尿液中的藥物濃度，希望在低灌流區域亦有足夠的藥物到達。有些感染復燃雖然無法根治，卻可以通過長期給予小劑量抗菌藥物加以控制，稱之爲抑制性治療（Ｓｕ-ｐpressiｖｅｔreａｔment）。具體用藥的方法如上節所介紹的預防性用藥方法。由於這種治療常常沒有固定的期限，所以應有明確的適應證方可採用。
無症狀的菌尿
這種情況在泌尿外科常見，往往是比較無害而又是很難根治的，如迴腸代膀胱患者、長期造瘻帶管者等。藥物治療可以暫時控制菌尿，但複發率很高。反覆用藥可篩選出耐藥菌株，亦是利少弊多。每個病例應作具體分析，一般說來如果不伴有結石或梗阻，除非有急性發作，未必需要用抗菌藥物治療。相反，如果有結石或梗阻而又不能用手術糾正，則宜採用長期的抑制性治療。
