採用藥物流產可有以下副作用：
1、 約有3%的不全流產率和約1%的繼續妊娠率；
2、 藥物副反應，如早孕反應、胃腸反應，噁心不適等；
3、 陰道出血時間較長，平均14～15天；
4、 感染的可能。由於陰道出血時間較長，患者若不注意外陰衛生、流產後過早性交等，可引起生殖器炎症，表現爲腹痛、發熱、陰道流血，陰道分泌物有臭味，白細胞增高、子宮復原不全，子宮及附件有壓痛等。
這些複雜情況只有專科醫師才能準確把握。
因此，專家建議，藥物流產必須由專門醫師負責，並需要在具備急救條件的醫療單位進行。私自用打胎藥極有可能導致不全流產、大出血、休克、感染甚至終身不育等，對婦女健康造成極大威脅。
