干擾素的毒副作用發生率比較高。最常見的是發熱及流感樣綜合徵，患者體重減輕、脫髮、情緒激動，骨髓抑制致血細胞、血小板減少，輕度貧血，偶可發生神經系統損傷，影響內分泌系統功能，亦有產生干擾素抗體者。茲將其副作用及處理方法列述於下：
1.流感樣綜合徵：患者發熱、寒戰、全身不適，肌痛、頭痛等，有時還可出現鼻塞、流涕、頭暈、尿急等，而以發熱最爲常見。不論應用途徑及劑量大小，患者均可有發熱，一般在第一次注射後2-6小時發生，體溫可升至38-40℃，6-12小時達到高峯，但24小時內均能自然消退。若發熱不高，可不必特殊處理，38℃者多喝開水，臥牀休息，但若發熱較高甚或高燒者，則應給予物理降溫;亦可給撲爾敏4毫克或者布洛芬0.2克口服，消炎痛栓0.5-1枚直腸給藥，也可用複方氨基比林和柴胡注射液各一支,肌肉注射,體溫便會很快下降。
2.抗干擾素抗體的產生：部分患者治療初期甚至未應用干擾素時即出現抗干擾素抗體，影響治療效果。估計與個體差異有關，而與應用劑量、給藥途徑、時間長短及患者年齡無明顯關係。
3.消化系統反應：如食慾不振、味覺異常、噁心、嘔吐、泄瀉、腹脹等。藥量越大，症狀越頻繁，但一般不需治療，較重者可對症處理,服用藿香正氣丸等。嚴重者應考慮減量或停藥。
4.皮膚反應：用藥超過4個月者的最常見副作用是輕、中度脫髮，偶有停藥後更嚴重者。斑丘疹多發生於軀幹和四肢，但多爲暫時性的;還有發生潛在特異性反應，表現爲瀰漫性紅斑及蕁麻疹等。 輕度皮疹多呈自限性，不必處理;嚴重者應考慮停藥或減量，並給抗過敏治療。
5.腎臟損害：最常見者爲輕度蛋白尿，少有>0.1克/日，亦不伴有血漿蛋白的減少。其他腎臟損害雖有報道但極少見。通常無需特殊處理，囑患者多喝開水即可。
6.對內分泌系統的影響：11-羥皮質類固醇增加，雌激素水平下降，高密度脂蛋白降低，出現糖尿，偶見高血鉀、低血鈣等症，還能提高血漿甘油三酯含量，但對膽固醇無影響。
7.造血系統改變：抑制骨髓，降低外周血白細胞及血小板;白細胞減少通常發生於用藥後數小時至數日。用藥第一週，白細胞減少至40%-60%，而後趨於穩定。停藥或間歇5天以上用藥，白細胞可迅速恢復。主要是干擾素能可逆性地阻斷白細胞從骨髓釋放的緣故。長期應用可導致血色素性貧血，引起免疫介導的溶血性貧血和血小板減少，但極少見。通常可口服養血飲、複方阿膠漿等來糾正，亦可服利血生、鯊肝醇及氨肽家等藥以升高白細胞及血小板。
