長期或大劑量服用胃復安會導致肌肉痙攣，要求生產商在產品標籤上加上黑框警告，這是目前美國對用藥風險最嚴重的警告方式。而記者從中國市場上了解到，目前銷售的胃復安並無“肌肉痙攣”的不良反應提醒，只在不良反應中表示“大劑量長期應用可能因阻斷多巴胺受體，使膽鹼能受體相對亢進而導致錐體外系反應(特別是年輕人)，可出現肌震顫、發音困難、共濟失調等”。
胃復安在國內一般被作爲止吐藥，有一些服用禁忌，不能和神經類藥物一起服用(如不能和抗抑鬱藥、鎮靜藥一起服用)。另外，服用胃復安後最好不要開車，以免影響注意力，之前有病例曾在服用胃復安後發生車禍。
此外，由於胃復安的止吐作用，一些妊娠初期嘔吐的孕婦甚至也將它當作“止吐法寶”，專家提醒孕婦別用胃復安止吐，因爲胃復安會促進子宮內膜平滑肌收縮，進而引起子宮收縮。所以在妊娠時，尤其是在妊娠初期如果服用該藥，很容易誘發流產。
甲氧氯普胺是一種鎮吐藥，能拮抗多巴胺D2受體。吸收入血後進入腦組織，作用於延髓催吐化學感受區中多巴胺受體而提高催吐化學感受器的閾值，發揮中樞性鎮吐作用。
甲氧氯普胺同時還具有5-羥色胺受體激動效應，作用於上消化道，促進胃及上部腸段的運動，提高靜息狀態胃腸道括約肌的張力，增加下食管括約肌的張力和收縮的幅度，使食管下端壓力增加，阻滯胃-食管反流，加強胃和食管蠕動，並增強對食管內容物的廓清能力，促進胃的排空。這些作用協同，共同增強了甲氧氯普胺的鎮吐效應。
孕婦禁用源於致畸
必須注意的是，由於動物試驗顯示甲氧氯普胺(胃復安)有潛在致畸作用，因此中文說明書明確指出，孕婦不宜應用
