藥物不良反應對嬰兒的危害程度與使用藥物的種類、劑量、療程的長短及嬰兒的抵抗力有關。
爲了防止嬰兒發生藥物不良反應，時應遵循以下幾條原則：
1)不是非用不可的藥物儘量不用，如果是必須使用的藥物，應嚴格按規定劑量和療程使用。
2)在同類型藥物中，儘量選用對母嬰危害較少的藥物，如卡那黴素和慶大黴素能引起嬰兒聽神經損害，可改用青黴素類和其他毒性較少的抗生素。
3)儘量減少聯合用藥，減少輔助用藥。
4)當必須使用哺乳期禁用的藥物時，應暫停哺乳。
還有些藥物雖然也能引起嬰兒藥物不良反應，但危害不大，通過調整劑量或改變用藥時間，比如先哺乳後用藥等方法，是可以慎重使用的。因此，哺乳母親患病後，能少用藥的儘量少用，非用不可的藥物應在醫生指導下使用並嚴密觀察嬰兒的情況，絕對不可自行購藥或用藥，以免影響孩子健康發展。
