1. 季節因素
空氣乾燥，很容易使孩子出現陰傷津液不足的狀況。若未能及時補充水分，使得腸道內水分減少也是造成寶寶便祕的原因之一。
2. 飲食不足
母乳餵養的嬰兒，母乳量不足，嬰兒經常處於半飢餓狀態，消化吸收後餘渣少，大便量也會減少且乾燥堅硬，也會隔2～3天一次。如果長期飲食不足會使嬰兒因飢餓而啼哭，體重增加速度會隨之減慢，結果導致營養不良，腹部肌肉、腸肌張力減低，收縮力減弱也會加重便祕。這時就應該添加牛奶或嬰兒奶粉，如果沒有疾病，寶寶的大便及體重增長就會恢復正常。
3. 食物成分不適宜
食物成分與大便性質關係密切。人工餵養兒較母乳餵養容易便祕，這是因爲牛奶的蛋白質以酪蛋白爲多，在小兒胃酸作用下凝固成硬塊，不易消化。某些奶粉中添加的棕櫚油容易在腸道內與鈣質結合形成難以吸收的不溶性鈣皁，影響鈣質吸收，造成排便困難；或食物中含多量蛋白質而碳水化合物不足，腸內分解蛋白質的細菌比發酵少，大便易呈鹼性乾燥，次數也少；食物中膳食纖維含量少，也不利於刺激排便而形成便祕。
4. 腸胃功能異常
飲食時多時少，一日三餐的規律被打亂，腸道蠕動不規律，亦易形成便祕。排便的良好習慣未養成，以致未形成排便的條件反射，終至腸肌鬆弛形成便祕。全身性疾病如營養不良、佝僂病、甲狀腺功能不全等都能使腸壁肌無力，腹肌軟弱或麻痹，也常引起大便祕結。
5. 先天性胃腸畸形
如果寶寶患有胃噴門鬆弛肥大性胃幽門狹窄，食物常被嘔出，下行食物量少；腸道狹窄、肛門狹窄、先天性巨結腸、先天性長結腸等都能引起便祕。
6. 局部疾病
肛門裂因排便時疼痛易導致便祕，肛周急性炎症或膿腫可長期抗拒排便，也是小兒便祕常見的原因。此外，環境與生活習慣的突然改變、精神刺激等等，也會引起輕重不等的短時間的便祕。
