一、塗片染色法
將分泌物塗在玻片上，待自然乾燥後可用不同染液染色，如革蘭染色，瑞特染色，姬姆薩染色，PAS染色和利什曼染色。這種方法不僅可看到滴蟲的形狀和內容，而且能同時看到陰道內存在的其他微生物。也可用吖啶橙染色，熒光顯微鏡檢查。
二、懸滴法
懸滴法是檢查陰道毛滴蟲最簡單方法，陽性率可達80%-90%。將檢體塗在載玻片上，再加1滴生理鹽水後加蓋玻片，用100-200倍鏡檢，可見原蟲鞭毛波動膜活動。在生理鹽水中加5%的中性紅，滴蟲不能死亡，並不着色，而周圍形成粉紅色，對白色的原蟲易於認出，或用1600倍吖啶橙液1滴滴入新鮮標本上，用熒光顯微鏡觀察，可見蟲體帶有淡黃綠色的熒光，特別好看，直接鏡檢法檢出率極高。
三、免疫學方法
檢測陰道毛滴蟲特定的抗原。常用的免疫學方法有熒光抗體檢查法，ELISA法，膠乳凝集法等，其陽性率較塗片法高，但臨牀一般不採用免疫學方法檢查。
四、培養法
將陰道分泌物或尿道分泌物加入培養基內，置37℃溫箱中培養48小時，每隔72小時接種1次，取培養混勻液1滴塗片，染色鏡檢。
