卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種類型，約佔80%左右，起初病變只累及一側卵巢，隨着囊腫增大可累及雙側，卵巢巧克力囊腫的常見病因主要有以下幾方面。
1.內分泌因素
卵巢較小，深藏於盆腔內，但它是產生卵子並排卵、內分泌激素、平衡內分泌的重要器官，卵巢囊腫多發生於內分泌旺盛的生育年齡，內分泌失調對囊腫形成有重要影響。比如，人們情志不舒可致月經紊亂，體內垃圾不能及時排除，堆積於卵巢形成囊腫。
2.輸卵管阻塞
每月卵巢內沒有受精的卵泡成爲廢品垃圾也要排泄出去，靠體內液壓把這些垃圾擠出來，如輸卵管發生氣質型病變，發生堵塞現象，則排不出去的卵子堆積在卵巢內，就形成了巧克力囊腫。
3.性生活頻繁
性生活頻繁也是導致卵巢巧克力囊腫的重要原因，一般發病多在青春期少女或更期婦女，這與她們頻繁性生活有很大關系。
4.流產過多
巧克力囊腫主要是因經期子宮壁脫落的子宮內膜碎片因引流不暢，不能全部從陰道排出，導致少量廢液經輸卵管向盆腔倒流。多次人工流產後子宮頸口粘連、宮頸口縮小引起排泄障礙，因而發生巧克力囊腫。
