有的男性射精時會出現陰莖、尿道、會陰、陰囊上方等處陣發性疼痛，這種疼痛稱射精疼痛。引起射精痛的主要原因有：性生活過頻、生殖器炎症（精囊炎、前列腺炎、後尿道炎等）、泌尿繫結石、泌尿系腫瘤等，大多爲生殖器官的器質性病變所致。
1、性生活過頻繁
過頻的性生活，常會引起輸精管、精囊及尿道器官產生無菌性炎症，致使這些器官充血水腫。射精時，由於平滑肌收縮，而刺激這些充血的器官，引起疼痛。
性生活過於興奮、動作強烈粗暴亦可造成射精痛。
性交次數過頻、新婚縱慾過度，尤其是白天性交後，會陰部或陰囊內痠痛。
2、生殖器官腫瘤
男性泌尿生殖器官的惡性腫瘤，大多會引起射精疼痛。如睾丸、附睾、前列腺等處發生腫瘤時，壓迫或阻塞射精管道，射精時會發生疼痛。
不過，其疼痛性質較爲緩和，多是隱痛和痠痛。精囊，輸精管等處發生腫瘤的機會雖然不多，但病變的進展多爲隱匿性。因此，這種疼痛應引起重視。
3、生殖器官炎症
男性下尿路感染是導致射精疼痛最常見的原因。
患有膀胱炎、尿道炎、前列腺炎，射精時，這些器官的肌肉發生節律性收縮，對炎症病竈是一種機械刺激，以致引起劇烈疼痛。有的患者還會發生疼痛性遺精。
4、男性尿道結石
男性尿道結石是常見，當小的結石嵌在後尿道，尤其嵌在射精管的開品部位，射精時這些部位收縮和蠕動，擠壓結石而產生疼痛。如前列腺或精囊有結石，射精時這些部位收縮也會產生疼痛。
5、其他疾病
患有陰莖硬結症的人，房事時陰莖勃起會疼痛，射精時加重。
患尿道狹窄的人，精液排出不暢，尿道企圖強行擠出精液，也會引起疼痛。
男性泌尿繫結核，尿道息肉等亦會造成射精疼痛。
6、心理因素
一些人性格也好，或者因爲性生活的一些失敗也好，或者是一些工作精神壓力等等，造成了過於爲射精好壞而焦慮，誘發了會陰部肌肉的痙攣性收縮，特別緊張，這是一種心理因素所造成的。
另外也有一些陰莖的頭部特別的敏感，在手觸動龜頭的時候，有一種疼痛感，應該說也和心理因素有一定的關係。
還有一些人是神經官能狀，他的思想想到哪一個地方就容易造成疼痛。有的人頭痛，一會兒就感到腦子疼，這跟心理因素有關係。
