經常服用一些藥物可能導致暫時或永久的對精子生成的損害。常見的有西咪替啶、柳氮磺胺吡啶、安體舒通、呋喃坦啶、尼立達唑、秋水仙素和各種激素類藥物，如：大劑量皮質類固醇、雄激素、雌激素、孕激素、雄激素拮抗劑、促性腺激素釋放素促效劑等。此外，癌症化療藥物也是影響男性生育的重要一類。由於睾丸癌、何杰金氏病等在使用化療藥物時，其中含有的一些烷基化合物常導致生殖功能不可逆的損害，因而對生殖器官部位進行放療也有可能導致精子不可逆地發生停滯，造成不育。若男性不育患者曾服用了上述的某種藥物，應考慮安全地逐步停藥，或改用其他對性功能和精液質量無危害的藥物，例如用乙酰水楊酸替代柳氮磺胺吡啶。
