對慢性及急性肛裂經治療無效者，則應選擇手術治療。手術療法大致有以下幾種方法：
1、後方內括約肌切開術：主要目的是消除內括約肌痙攣。
2、側方內括約肌切開術：主要目的是減少和防止肛門功能不良。
3、肛管擴張術：主要用於各種原因引起的肛管彈性消失和收縮，括約肌功能不良，發生的器質性狹窄。
4、切除術：適用於Ⅲ期或慢性肛裂，術後效果好，極少復發。
5、肛裂並有Ⅰ期或小型Ⅰ期內痔：應先做側方內括約肌切開術，肛裂治癒後再注射治療內痔。
6、肛門周圍皮膚裂治療：應依據病因病情來選擇手術與否。
7、V-Y肛管成形術：適用於肛管皮膚缺損及明顯狹窄的肛裂。
8、其他療法：如激光、電灼治療等等。
