嬰兒在出生以後，一方面來自母體的雄激素會使肛腺分泌較爲旺盛，如果是男嬰的話，其自身睾丸所產生的雄激素會使皮脂腺及肛腺的分泌情況更爲旺盛，一旦發生感染，嬰兒就很容易患肛周膿腫，轉變爲肛瘻的可能也極高。
另一方面，嬰兒肛瘻的發病還與其肛管局部的免疫功能不全有關。嬰兒肛門直腸部粘膜的局部免疫結構尚未成熟，肛隱窩具有易感性，比較容易導致肛瘻的發生，因此嬰兒期發生 肛瘻也很常見。嬰兒長到一歲多以後，由於自身免疫功能的提高和旺盛的雄激素水平發生生理性下降，肛瘻的發病情況也就顯著減少了。
據國內外統計，嬰幼兒肛瘻在出生後6個月以內發病者佔小兒肛瘻的2/3;在生後3個月內發病率最高，也就是出生後3個月的嬰兒，以及未滿1週歲的幼兒，也會出現肛門腫痛、化膿的情況。
男性多於女性，男性佔80%—90%，嬰幼兒肛瘻發病部位多在肛門兩側，瘻管多呈淺在、單純、垂直。複雜而瘻深的較少，排膿後症狀可很快減輕，並多數可自愈，有部分患兒未治可自愈，待成人後可再發。
治療時應對症，根據三個不同階段採用不同的治療方法：
①膿腫未成
僅見皮下有炎症反應時；可採用保守治療，每日用溫開水坐浴2—3次，適當吃些抗生素，局部可用金黃如意膏外敷等消炎、消腫治療。
②膿腫已成
切開排膿，預防反覆感染，由於距肛竇較近，可一次切至肛竇，可避免日後成肛瘻。
③ 一旦肛瘻已形
可等孩子稍大些，到5—10歲時再手術，可行瘻道切開術或掛線治療。如在肛門兩側同時存在兩個瘻道者，應分次行瘻道切開術，若採用掛線方法，可用膠線一次收緊即可。
