判斷乙肝轉陰的指標主要有乙肝e抗原(HBeAg)、乙肝病毒DNA及乙肝表面抗原(HBsAg)，具體如下：
1.乙肝病毒DNA：
乙肝病毒DNA是判定乙肝病毒在體內複製狀況的指標，乙肝抗病毒治療的臨牀痊癒標準，主要是乙肝病毒DNA檢查轉陰。
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e抗原的存在表示乙肝病毒在體內大量的複製，並具有較強的傳染性，是乙肝大三陽的重要標誌，所以HBeAg陰轉也是乙肝大三陽轉陰指標之一。
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HBsAg是感染乙肝病毒的標誌，這也是乙肝患者最期盼的轉陰指標，但是目前是很困難的，如果檢查乙肝表面抗原指標轉陰，就表示乙肝患者完全痊癒的標準，體內沒有乙肝病毒存在。目前完全痊癒很難，但是乙肝大三陽經過抗病毒治療達到臨牀治癒還是比較容易的。
