一般來說通過敏感的檢測方法，可在患者血清、淋巴細胞和(或)肝組織中檢測到乙肝病毒DNA。經肝穿刺檢查，在肝組織中不但能找到乙肝表面抗原和(或)乙肝核心抗原，還有可能發現不同程度的炎症或纖維化。
目前越來越多資料和研究表明，無論是急性自限性肝炎，還是成功進行抗乙肝病毒治療後慢性乙肝患者，乙肝表面抗原清除後部分患者肝組織中仍可檢出乙肝病毒DNA，肝臟損害並沒有停止，仍可發生肝硬化或肝癌，這種情況稱作隱匿性乙肝病毒感染。
一、臨牀上，約有20%的隱匿性慢性乙肝患者病人除了乙肝病毒陽性之外，其餘的乙肝病毒血清標誌均爲陰性，對此應該加以注意，另外，在診斷時，還需要排除由其他病毒和非病毒因素等所引起的肝損傷。
二、對於長期原因不明的肝炎、肝硬化，應想到存在隱匿性乙肝的可能。丙肝患者通過治療，HCV-RNA已完全清除，但ALT(丙氨酸轉氨酶)仍升高且不能用其他原因解釋(脂肪肝、藥物肝損害等)者，可能存在隱匿性乙肝。
三、如果慢性乙肝病毒攜帶者的血清乙肝表面抗原雖爲陰性，但血清和肝組織中的乙肝病毒爲陽性，並有慢性乙肝的臨牀表現，乙肝患者可伴有血清乙肝表面抗體，乙肝e抗體，和乙肝核心抗體陽性者，就可以診斷爲隱匿性慢性乙肝。
