小兒兩歲前直腸會陰曲較小，肛管前壁受糞便直接壓力大，因而前壁易發生隱窩炎；肛管後壁有恥骨直腸肌加固，肛管前壁相對薄弱，感染時炎症易向前方穿透，破潰。故內口及瘻管走行後位者少見，瘻管較淺，多呈直線形。小兒齒狀線距肛緣位置較成人近，擦洗肛周時動作宜輕柔，否則可以損傷肛隱窩，腹瀉時糞便易填塞於肛隱窩內，從而增加感染的可能。而臨牀診治過程中有很多診斷爲複雜性肛瘻的患者，均爲患者擔心因手術損傷肛門功能而延誤治療所治。男性小兒肛瘻，外口爲皮膚，形成肉芽後暫時關閉，內口進入的細菌和糞便在引流不暢時，局部形成膿腫，破潰減壓後可再次癒合，反覆發作形成複雜性感染性肉芽瘻。女性小兒肛瘻，肛瘻內口多爲黏膜組織，易使瘻管內層黏膜化，成爲永久性肛瘻。女性舟狀窩部位的直腸陰道間隔僅5MM，極薄弱疏長，直腸陰道間隔的厚度增加，直腸陰道修補的成功率會增加，必要時可以選擇肌瓣或網膜加強直腸陰道間隔。
爲何小寶寶也會得肛瘻？
孩子屙尿後換尿布時，年輕的父母常常是順手用幹尿布擦屁股，因新生兒的大便較粘，需要反覆擦幾次才能擦乾淨，其結果就增加了損傷嬰兒皮膚的機會。還有的家長用廢紙來擦屁股，那容易使嬰兒的肛門粘膜受到損傷，一旦感染後容易引起肛門炎，導致肛門膿腫，如果破潰後還易形成肛瘻。
男孩與女孩發生肛瘻，其臨牀表現也各不相同。女嬰肛門發炎後紅腫疼痛，一旦形成膿腫後肛周皮膚腫脹發亮，中心軟化，破潰後大便可從陰道口處女膜部位的瘻口排出，由於大便幾乎全從陰道口排出來，因而肛門不排便，大約10天左右，肛門才逐漸恢復排便，隨着陰道排便的減少，肛瘻周圍炎症才逐漸消退，但女嬰的肛瘻一般不會自動癒合，以後遇到腹瀉時糞便仍可從瘻口漏出，一般到2歲後漏便現象減少，但若要徹底治癒肛瘻，則必須帶孩子到醫院肛腸科請專科醫生手術治療。
