乙肝患者需要進行長期的抗病毒治療。抗病毒治療目標是持久抑制乙肝病毒的複製和緩解肝病。“持久”兩字反映了慢性乙肝治療的重要性，“見好就收”，導致病情反反覆覆。也有因爲發生了藥物耐藥而中途停藥的。一些乙肝患者在較長時間的治療後發生耐藥，沒有及時處理或自行停藥，結果引發了重症肝炎，危及生命。那麼我們如何才能合理運用藥呢？
在接受家庭醫生在線採訪中南方醫科大學南方醫院感染內科行政副主任郭亞兵表示，醫生在確立用藥方案時，應向乙肝患者介紹不同抗病毒藥物效果、安全性、是否耐藥等特點，並結合乙肝患者的病情、乙肝病毒載量、經濟情況和患者依從性（遵從醫囑的能力）等方面給予一些建議，最終由乙肝患者來選擇藥物。由於乙肝抗病毒治療需要長期進行，乙肝患者發生耐藥後必然要加藥或者換藥，所以如果經濟條件允許，且體內乙肝病毒載量高，選擇強效抑制乙肝病毒、耐藥率低的核苷類似物更好。乙肝患者在與醫生溝通時可詢問清楚各類藥物的耐藥發生情況。
最後郭亞兵主任指出，以我們現有的醫療手段手段，要想達到完全根除，對於大部分的乙肝患者來說還是做不到的。那麼對我們現有的治療來說，我們怎麼合理地運用好藥物呢，在這裏有兩點建議：第一、患者要樹立“抗病毒治療”爲主要的治療方法。因爲現在藥物很多，方法也很多，但是現在在不同的方法當中，最常用的就是對症治療了，降酶的、退黃疸的、以及所謂的護肝治療。但根據整體效果來看，護肝治療和抗病毒治療比起來，還是遠遠不夠的。所以我們一定要以抗病毒治療爲主，以保肝護肝這些藥物爲輔，不要顛倒過來。第二，因爲現在藥物療效並非我們想象的那麼理想，所以說還是一個比較長期治療，需要長期、需要複雜的一個觀察的治療，所以患者對於治療時間要有一個充分的思想準備。
