除肛門視診外一般無需特殊檢查，但如病因不明或合併其他疾病，則視具體情況選用適當的檢查方案。
1.直腸指診及內鏡檢查 對難以確診的肛裂可酌情進行直腸指診及肛門鏡檢查，操作時應動作輕柔，以免引起病人劇痛。
2.組織病理學檢查 對位於側位的慢性潰瘍，要想到有否結核、癌、克羅恩病及潰瘍性結腸炎等罕見病變，行活組織病理檢查可鑑別診斷。
肛裂須與結核性潰瘍、梅毒潰瘍、軟下疳和上皮癌等潰瘍相鑑別。其中潰瘍性結腸炎和肉芽腫性結腸炎併發之肛裂極易鑑別。
1.肛門皮膚擦傷 肛裂早期需與肛門皮膚擦傷相鑑別。
2.腸道炎性疾病 某些腸道炎性疾病可伴有肛門周圍的潰瘍，診斷時應注意鑑別。①肛管結核潰瘍;②克羅恩病肛管潰瘍;③梅毒潰瘍;④潰瘍性結腸炎併發的肛裂。
