自然流產連續發生2-3次者，就屬於習慣性流產。引起習慣性流產的疾病大約有43種疾病，主要分爲以下幾類：
1、免疫因素佔67%。
2、解剖因素佔14%。
3、內分泌因素11%。
4、遺傳因素佔5%。
5、其它因素佔3%。
例如，內分泌失調、免疫異常、染色體缺陷、感染、子宮內膜太薄、黃體功能欠佳等都是可能的病因。
病因檢查有先後：
習慣性流產給患者帶來沉重的身心創傷，她們經過多方打聽，發現流產的病因那麼多，心下更是彷徨、焦急。
到底該先查什麼後查什麼？
能不能乾脆所有的項目一起做？有的患者爲了“提高效率”，甚至隱瞞剛剛流產的病史，只是爲了早早地開始應該流產3個月後才能進行的免疫檢查。一般地說，習慣性流產的女性在準備再次懷孕前，需首先排除非免疫性病因，因爲內分泌功能的異常是可用藥物調整的，某些染色體異常引起流產是目前醫學無法解決的，而子宮形態異常、宮腔粘聯等問題要靠手術解決。如果上述檢查均正常，就應考慮進行免疫相關因素檢查了。
臨牀上，約80% 的習慣性流產與免疫異常有關。也就是說，懷孕期女方體內產生了針對男方的免疫反應，導致胚胎無法在母親體內存活，引起了流產。免疫病因分類必須正確，才能選擇更高效的治療方案。對患者來說，耐心等待、配合檢查就非常重要。如果在流產後身體沒有完全恢復的情況下就開始免疫檢查，各項指標都沒有達到穩定狀況，不能反映真實的情況。
需要檢查的項目：
內分泌因素基有基礎體溫，血雌激素、孕激素，泌乳素等;感染因素有白帶檢查、弓形蟲、支原體、衣原體、鉅細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒等;生殖器因素有子宮輸卵管造影、宮腔鏡檢查等;遺傳因素夫婦雙方染色體核型分析;免疫因素有透明帶抗體，磷脂抗體，ABO血型抗體，封閉抗體，封閉抗體抗獨特型抗體等。注意以上檢查在除外男方精液異常後進行。
免疫病因分三類。
免疫檢查的項目非常複雜，很多患者抱怨，看不懂檢查結果，有些人則簡單地認爲抗體指標“陽性”就是糟糕，“陰性”就說明沒問題，實際遠沒那麼簡單。這裏只能選擇兩項比較重要的檢查簡要分析，更詳細的情況還要聽取醫生的當面解釋。
封閉抗體缺乏是習慣性流產的主要病因。
封閉抗體是一種混合抗體，存在於正常孕婦的血清中，80-90%習慣性流產的婦女測不到這種抗體。妊娠時，母體可產生致敏T細胞，它能破壞胚胎細胞，但致敏T細胞的殺傷功能可被封閉抗體所抑制。然而習慣性流產患者體內由於缺乏這種抗體，存在未被抑制的細胞毒細胞，這些細胞直接作用於胚胎，或通過釋放炎性介質間接損害胎兒或胎盤，從而導致了流產。
抗心磷脂抗體——能否再次懷孕的指標。
我們對習慣性流產的患者，常規建議作抗心磷脂抗體檢測及免疫相關檢查，以決定是否適宜懷孕。如果抗心磷脂抗體陰性，患者可以懷孕;如果抗心磷脂抗體陽性，說明可能存在抗磷脂綜合徵，由於反覆發作的血液高凝狀態、血栓形成、血小板減少，導致反覆發生流產或死胎。
臨牀上，免疫性流產按病因可分三大類，治療方法也不同。
1、母-胎免疫識別低下型：主要呈現封閉抗體缺乏，配偶白細胞主動免疫療法、靜脈免疫球蛋白被動免疫療法。
2、母-胎免疫識別過度型：包括自身免疫異常（如透明帶抗體、磷脂抗體等陽性）及同種免疫異常（母-胎ABO血型不合）以免疫抑制劑爲主。
3、母-胎免疫識別紊亂型：一方面表現爲封閉抗體缺乏，另一方面表現出免疫損傷作用異常增高。治療上十分棘手，方案還有待探索。
