全國初步建立了HIV耐藥基因序列庫，形成了一套較完整的艾滋病檢測質量保證與質量控制體系。到2007年9月底，31個省(區、市)均已開展抗病毒治療工作，共覆蓋1154個縣，接受免費治療的病人共37497人；接受治療的艾滋病兒童累計共771名。艾滋病自願諮詢檢測服務已覆蓋全國，共有諮詢檢測點4293個，比去年增加1256個。安全套推廣項目覆蓋縣從1327個縣區增加到1874個。
全國批准的美沙酮維持治療門診512個，較去年新增了192個。在2001-2006年治療傳染性肺結核患者近260萬名的基礎上，2007年截至第三季度，共發現肺結核患者約81萬名，其中塗陽肺結核患者約42萬名，塗陰肺結核患者39萬名；全國現代結核病控制策略(DOTS)覆蓋率維持在100%，病人治癒率達92.4%，病人發現率爲61.6%，年底預計超過70%目標。
2006年乙肝血清學流調結果顯示：全國1～59歲人羣乙肝病毒表面抗原流行率爲7.18%, 較1992年的9.75%明顯下降，乙肝病毒表面抗原攜帶者減少了2000萬人，全國5歲以下兒童乙肝表面抗原攜帶率降至1%以下。按照世界衛生組織分類標準，我國已從乙肝高流行區國家進入中流行區國家行列。2006冬及2007年春，全國共286個地區開展了強化免疫，接種兒童約5400萬，兩輪接種率均達到了95%以上；有效地控制了麻疹疫情上升勢頭。2007年1～9月全國流腦與2006年同期相比報告病例下降30.37%；乙腦與2006年同期相比，報告病例數下降了43.83%。
此外，還進一步加強了霍亂、狂犬病、流感、布病等重點傳染病的監測和防治管理，推動以傳染源控制爲主的血吸蟲病綜合防治策略的實施，啓動了五歲以下腹瀉住院兒童病毒性腹瀉感染狀況調查，積極推進重點人畜共患傳染病和自然疫源性疾病防治管理工作。
