有50%的嬰兒在確診後存活12個月，不足12月齡的卡氏肺囊蟲肺炎患兒的一年存活率僅爲30%；年長卡氏肺囊蟲性肺炎患兒爲48%；其他病情的年長兒爲72%.這些發現在性質上與不同臨牀中心調查的結果相一致。
臨牀表現的特徵出現在兒童組早期，通常在4～8月齡的嬰兒中出現包括卡氏肺囊蟲肺炎、醫學教`育網蒐集整理消瘦綜合徵和腦病等症狀。在表現較早及較遲的嬰兒中都會出現從持續性中耳炎直至重型細菌性腦膜炎或肺炎。在機會性感染中嬰兒艾滋病患者與成人患者不同之處是嬰兒艾滋病患者細菌性感染十分多見，而卡波濟氏肉瘤較成人少見。
