新生兒眼炎多是經陰道分娩感染而來，也可發生於宮內，或出生後感染。其感染的病原菌隨着時代的發展而不斷變遷，從鏈球菌到葡萄球菌，直至淋球菌。新生兒眼炎對於剛剛來到世間的新生命來說是值得關注的疾病。倘若經久不愈，就會造成淚囊堵塞，影響寶寶的視力。
對於初爲人父母的爸爸媽媽來說，看到寶寶眼睛紅紅的，流眼屎，甚至眼中有膿性物，怎會不讓他們着急呢？新生兒眼炎的病因是病原菌感染，其治療方法就是針對病原菌選用相應的抗菌眼藥水。傳統認爲，新生兒眼炎主要是葡萄球菌，尤其是金黃色葡萄球菌感染，其次是溶血性鏈球菌感染。隨着青黴素在臨牀中的廣泛應用，這兩類細菌得到了有效地控制，感染率下降。由於青黴素的普遍使用，隨之產生了抗青黴素的耐藥菌株。
針對耐藥菌株的產生，醫藥界又研製了抗耐藥菌株的半合成青黴素，解決了治療上的困難。近十餘年來，由於淋球菌感染率的增加，新生兒淋球菌眼炎患病率呈直線上升。臨牀上多針對淋球菌感染，治療新生兒眼炎。近來，有關專家研究結果對傳統認爲新生兒眼炎的感染菌譜提出挑戰。重慶醫科大學兒童醫院博士後導師吳仕孝教授採用細菌培養和聚合酶鏈反應兩種方法檢測了近2年125例新生兒結膜炎患兒標本，發現沙眼衣原體感染佔51.2%，同時還發現患沙眼衣原體結膜炎的新生兒74%爲經陰道分娩感染，其餘爲宮內感染。感染菌種變化了，治療方法也要作相應的改變，即選用對衣原體有較強殺滅作用的藥物。若有條件，應爲新生兒眼炎做病原學診斷，以便選擇有效藥物。
