HPV未被機體徹底清除是導致該病復發的主要因素。殘留的尖銳溼疣病變或潛伏HPV感染是尖銳溼疣 復發的主要原因。HPV感染部位主要在表皮，尖銳溼疣自表皮向外生長，故無論是外用藥物還是用激光療法等治療，其治療深度應達到表皮基底細胞層上方，治療範圍應 超過尖銳溼疣損害邊緣1～2mm才能將尖銳溼疣病變組織清除乾淨。少數尖銳溼疣患者的真皮內檢測到HPV DNA ，這一結果表明在尖銳溼疣復發病例中除了皮膚表皮內存在HPV外，真皮內存在HPV是尖銳溼疣復發的另一重要原因。
尖銳溼疣復發的原因有：
亞臨牀感染 男性亞臨牀感染多發生於陰莖，爲體積較小的無蒂疣，直徑大小1-3毫米。另一種常見於陰莖、肛周，肉眼不能見，只能在顯微鏡下才能見到病變。女性宮頸的人類乳頭瘤病毒亞臨牀感染要藉助陰道鏡檢查才能發現。臨牀治療時，醫生只能清除肉眼能看見的那部分疣組織，對於肉眼看不見的病變是無法清除的。經過一段時間，肉眼看不見的病變就發展爲肉眼能見的疣組織。
上皮病變 尖銳溼疣的病變過程主要發生在上皮組織內，人體皮膚粘膜的免疫 系統存在於上皮下的真皮層內，由於上皮組織的基底層的阻隔，真皮內免疫系統不能與表皮內HPV病毒顆粒接觸而建立起有效的免疫應答反應，因而使不少尖銳溼疣久治不愈，這種情況同樣見於青年人面部的扁平疣及手上的尋常疣。
再感染 夫妻一方治癒了，而另一方是亞臨牀感染或病毒攜帶者，通過性生活又被傳染上，導致復發感染。治療不當 某些患者沒有正規治療或治療不徹底，表面症狀消失了，就以爲好了，實際上病毒攜帶者，時間不久，又復發了。少數病人由於性關係長期混亂，導致反覆感染。
溼疣是人類乳頭瘤病毒感染，臨牀上的常規治療方法是用口服外用藥物來治療，費用最低，而且還有85%左右的治癒率。臨牀常用的治療方法還有冷凍、微波、高頻電刀、利普刀、電灼及激光等，但費用高，而且需要多次治療。
