茄子中含有一種對人體有害的物質：茄鹼。過多食用可能會出現噁心、嘔吐、腹瀉等症狀。
科學研究發現，未全熟的茄子中，茄鹼含量比成熟的茄子高。盛採期的茄子中茄鹼含量高，而快拉秧時採下來的茄子中茄鹼含量低。測定還發現，茄子皮顏色的深淺和茄子中茄鹼的含量有很大的關係，紫茄子的含量高，而綠茄子的含量低。也就是說，茄子的顏色越深，茄鹼的含量就越高。
但是，茄鹼並不存在於茄子皮中，而主要存在於果肉當中。因此，想用削掉茄子皮的辦法來避免攝入毒素的方法是無效的。同時，茄鹼基本上不溶於水，因此用焯燙、水煮等方法都不能去除。唯一的辦法就是控制攝入量。好在茄子中的茄鹼含量較低，最高的品種也不超過每克乾重0.8毫克，換算成鮮茄子，大概吃450克，這種高茄鹼茄子纔可能達到25毫克的攝入量，這時候有可能發生噁心嘔吐等不適反應。400毫克茄鹼纔可能使成年人致命，因此，正常情況下一餐吃半斤茄子是不會引起任何麻煩的。
人們聽說生番茄有毒，其中的麻煩也正是茄鹼。吃一個80~100克的純綠色番茄，就可能達到讓人感覺噁心難受的茄鹼含量。不過，綠色番茄也沒有想象中那麼可怕，只要停下不吃，症狀就會逐漸緩解。而吃1.15公斤以上，纔有生命危險。
