菌種保存就是利用特殊方式讓菌種處於一個和外界空氣隔絕的狀態。菌種保存的原理就是通過減少菌種的含水量、降低培育成功所含的營養成分。利用高溫或者低溫的手段降低與空氣的接觸，讓其處於一個半休眠或者休眠的狀態。減少菌種的變異機率，保持良好的遺傳基因。
一、菌種的製作方法
生活中所常見的菌種大多數是以食用爲主，我們國內培育食用菌種的歷史非常悠久，早在1950年左右已經開始用傳統手工製作栽培蘑菇和木耳。尤其是以雙孢菇爲代表的菌種，菌種最基本的培育方式就是原種培育，利用小麥和一些農作物用滴水滲透的方法來製作。
目前市場上應用最廣泛的菌種栽培方式主要是以培養基爲主，就是將原種菌種完整的保存下來，通過分析菌種的生長環境來，建立密封的基地培育。首先需要適宜的溫度和科學的培育基地，菌種在繁殖培養之前用酒精噴灑進行消毒，防止在培養初期有病蟲侵害，每天記錄菌種生長狀態，及時發現問題，調整培養方式。
二、菌種的用途
菌種包含很多的菌類，用途也是十分的廣泛，最常用的菌種有食用菌類、醫學菌類、農業菌類、酵母菌和黴菌等。最常用的是食用菌，平時吃的蘑菇、鮑菇都屬於食用菌。菌種可以保持原來最優秀的基因，利用培養基大量培養，不管是南北方只要有優良的菌種都可以作爲經濟作物來發展。
醫學菌類裏的菌種大多數用來殺蟲和治療血液疾病以及腸胃炎症，對有毒病菌也有很好的滅殺效果。腸胃疾病、炎症感染、血液毒素垃圾過多都可以用到醫學菌類。農業菌類大多是添加在化肥和其他的農作物中，滅殺有害昆蟲，防止農作物根部受到昆蟲的侵害。酵母菌主要是用於食物發酵，比如最常見的蒸饅頭就會用到，主要功能提高是腸胃消化功能，少脂肪攝入。感興趣的朋友還可以瞭解一下土菌是什麼菌。
