巧克力囊腫給病人帶來這麼大的痛苦，該怎麼治療呢？
目前臨牀上應用很多藥物治療這種病，如內美通、丹那唑、桂枝茯苓膠囊等藥物。通過藥物作用讓病人暫時停經3～6個月，卵巢內子宮內膜也不會出血，這樣卵巢內的囊腫就可能縮小。絕經期間，痛經等症狀可以完全消失，但是想讓卵巢內的巧克力囊腫完全消失不太可能，停藥後仍有復發的可能。
手術是一個可以根治此病的方法。
囊腫比較大、藥物治療無效的病人，應該考慮手術。手術方式有微創腹腔鏡手術，也可採取開腹。對於45歲以上的病人，巧克力囊腫比較大且還在繼續長大，或是診斷不太明確、懷疑可能是其他性質腫瘤的，應開腹手術，必要時切除子宮和卵巢，以達到一勞永逸的目的。同樣對於那些無生育要求的婦女，也可以採取根治治療。採用腹腔鏡手術切除病變的卵巢也可以達到減輕症狀的目的。但手術後卻並非萬事大吉，因爲手術後，人體會恢復排卵，發揮內分泌功能，殘存的內膜又會開始生長，所以手術後應儘早懷孕，因爲懷孕後至少有一年的時間可以讓這些內膜組織因爲沒有雌激素刺激而逐漸衰退被吸收掉。所以妊娠是最好的治療，助孕技術也是最好的治療。
但對於沒有生育過的病人，手術時應儘可能保留卵巢功能，將囊腫剝離，把好的卵巢留下來。50歲以前的女性，能爲其保留一個，哪怕只是半個健康的卵巢，也應盡力做到，因爲卵巢是一個比較重要的性激素分泌組織。
不過有些女性因爲病情，萬一不得不將兩邊的卵巢都拿掉，也不要過分擔心會因此失去女性第二性徵而變得不像女人。除了卵巢分泌雌激素外，人體內其他組織也可以分泌少量的雌激素。如果雌激素還不夠，可以用雌激素替代療法補充。
