嗜血桿菌性陰道炎是由於陰道的弱酸性環境被破壞，嗜血桿菌過度繁殖，多於乳酸菌100～1000倍，產生的陰道發炎的症狀。嗜血桿菌性陰道炎的發病機制爲：
陰道的弱酸性環境被破壞
正常育齡婦女在內分泌激素的作用下，陰道上皮細胞增生，其表層細胞含有豐富的糖原非常有利於兼氧乳酸桿菌的生長，這種細菌佔陰道的90%以上。這種乳酸桿菌大量存在就抑制了其他致病菌的生長，在陰道形成了一個正常的生態平衡。
當人體雌激素水平下降導致陰道上皮萎縮，細胞糖原減少，不利於乳酸桿菌生長大量使用抗生素或用鹼性液體過度沖洗陰道，抑制乳酸桿菌的生長。性亂性交頻繁（因精液pH爲7.2-7.8）等導致致病性厭氧菌和加特納菌大量繁殖，引起陰道微生物生態平衡失調。兼氧乳酸桿菌減少最終導致細菌性陰道病。
病原體侵犯
厭氧菌產生的脫羧酶可激發陰道嗜血桿菌產生某種氨基酸，產生揮發性胺類，釋放出難聞的魚腥臭味胺類使pH值升高，又抑制乳酸桿菌繁殖，粘附有細菌的陰道表皮細胞脫落使陰道分泌物增加，從而導致嗜血桿菌性陰道炎。
女性來自於外界的嗜血桿菌感染主要是接觸被感染的共場所的坐便器、浴盆、浴池坐椅、毛巾，使用不潔衛生紙，都可以造成感染。
