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馬桶容易沾染污物，所以愛乾淨的人，會經常進行清潔消毒。但在炎熱的夏季，只有這樣或許還不夠，還應隨時蓋上馬桶蓋。
因爲馬桶在設計上自身有回彎，所以人們在平時不用馬桶時，沒蓋上蓋也不覺得會有明顯的難聞氣味。但夏季高溫，揮發強，如總是不蓋馬桶蓋，可能會影響到室內的空氣質量。
特別要注意的是，在馬桶沖水時一定要蓋上蓋子。因爲馬桶沖水時會產生瞬間氣旋，在空氣中留下液態或固態的微粒懸浮物，可滯留長達幾小時，並落在牆壁和物品上。現在很多家庭中，如廁、洗漱、淋浴都在衛生間進行，牙刷、漱口杯、毛巾等與馬桶共處一室，自然很容易受到細菌污染。因此，必須養成沖水時蓋上馬桶蓋的習慣。此外，如在馬桶邊放廢紙婁，也應該選擇有蓋的，並及時清倒，以免影響空氣質量。
此外，還要注意保持馬桶刷和馬桶圈的清潔和乾燥，不能讓其滋生細菌和微生物等，從而輕易成爲家庭中的污染源。在使用馬桶刷後，應先沖洗再用消毒液浸泡，懸掛晾乾。馬桶圈也應注意定期清洗消毒，如果是布料等物爲材質的，更應該勤洗勤消毒。
