治療腹瀉，最重要的是對症下藥。腹瀉分爲感染性和非感染性兩類，感染性腹瀉由細菌或病毒等引起;非感染性腹瀉多由飲食不節、食物過敏、生活規律改變、氣候突變等原因引起。因此，一定要分清腹瀉的類型，然後進行對因治療。
對感染性腹瀉，首先要分清是細菌性的還是病毒性的。如果是細菌性的，可在醫生指導下，針對引起腹瀉的病菌種類，選用相應敏感的抗生素進行治療;如果是病毒性的，使用抗生素則無效，可採用中醫辨證論治或對症治療。
對非感染性腹瀉，可採用中醫辨證論治和飲食療法，服用一些助消化的藥物。
(1)吸附藥及胃腸道黏膜保護劑
藥用活性炭、白陶土、鞣酸蛋白、次碳酸鉍、雙八面體蒙託石(思密達)等。常用於治療消化不良、急性腸炎、潰瘍性結腸炎等引起的腹瀉。
這些藥物口服到大腸後，可通過吸附或收斂作用減少腸內容物對腸壁的刺激，或形成保護膜，減少腸黏膜滲出而發揮止瀉作用。有的也能吸收大便中的水分，使糞便稍微成形。藥物本身無殺菌、抗毒作用。因其作用不強，對嚴重腹瀉療效稍差。
以上藥物宜空腹服用，如需同時服用其他藥物，應間隔一段時間。有嘔吐者不宜使用。
(2)通過影響腸道運動而止瀉的藥
地蘭諾酯、洛哌丁胺(易蒙停)、複方樟腦酊等。這些藥物可用於急、慢性腹瀉，對侷限性腸炎、潰瘍性腸炎、放射病引起的慢性腹瀉亦有效，其止瀉作用強而迅速。
主要作用於腸壁，直接抑制胃腸平滑肌的收縮，抑制腸蠕動，從而達到減少排便次數的目的。但必須注意的是，1歲以下嬰兒、孕婦和哺乳期婦女不宜使用;肝功能不全者應慎用;急性細菌性痢疾、急性潰瘍性結腸炎和僞膜性腸炎者禁用。
(3)解痙止痛劑
阿托品、山莨菪鹼(654-2)、普魯本辛等藥。有選擇性解除痙攣的作用，並能擴張血管、改善微循環，治療感染性休克，常用於胃腸絞痛。青光眼、腦出血者禁用。
(4)調節腸道菌羣藥
多爲一些人體正常菌羣中的有益菌的活菌製劑。常見的有雙歧桿菌、嗜酸性乳酸桿菌、酪酸菌、地衣芽孢菌無毒菌株等。可用於急慢性腸炎、消化不良、腸道菌羣失調、菌痢等。
應用後能大量補充腸道內正常菌羣的數量，並能促進其增殖，以糾正菌羣失調，抑制腸道內致病菌的生長。但不能與抗菌藥物同服，應間隔半小時以上。
